Pada babak kedua, Shin Tae-yong melakukan perubahan susunan pemain. Dia memasukkan Ramai Rumakiek untuk menggantikan Taufik Hidayat. Masuknya Ramai membuat lini tengah Indonesia lebih dapat menghadapi lini tengah Australia.
Pada menit ke-57, Amiruddin Bagus Kaffi Alfikri juga masuk menggantikan Hanis Saghara. Meskipun menggantikan dua pemain baru, lini serang Indonesia tetap kesulitan untuk menghadapi rapatnya pertahanan Australia.
Pada menit ke-70, Australia bahkan berhasil mendapatkan dua peluang emas melalui Jacob Italiano. Beruntung eksekusi pemain yang merumput bersama klub Borussia Moenchengladbach II di Jerman itu tak sempurna sehingga masih dapat digagalkan oleh Ernando.
Pada menit ke-75, Witan kembali gagal mengeksekusi peluang emas melalui serangan balik cepat. Mendapatkan umpan terobosan dari Rachmat Irianto, Witan berhasil menusuk kotak penalti Australia.
Sayangnya umpan Witan kepada Bagus Kaffi kurang akurat. Bola justru mengarah lebih dekat kepada penjaga gawang Nick Suman.
Keputusan mengejutkan dibuat Shin Tae-yong pada menit ke-82. Bagus Kaffi yang baru masuk ditarik keluar dan digantikan oleh Komang Teguh. Dia juga memasukkan Ronaldo Kwateh dan menarik keluar Gunansar Mandowen.
Semenit berselang, Indonesia berhasil mendapaatkan peluang setelah terjadi kemelut di kotak penalti Australia. Sayangnya dua tembakan yang dilepaskan oleh Ramai Rumakiek dan Ronaldo Kwateh masih dapat diblok lini pertahanan Australia.
Pada menit terakhir babak kedua, Kapten Asnawi Mangkualam bahkan terpaksa ditarik keluar karena mengalami cedera. Dia sempat memegangi paha kanannya setelah beradu lari dengan pemain Australia saat mencoba melakukan serangan balik.
Perangkat pertandingan memberikan waktu tambahan empat menit, akan tetapi Timnas U-23 Indonesia gagal menyamakan kedudukan.
Hasil 1-0 laga Kualifikasi Piala Asia U-23 antara Australia vs Indonesia itu memastikan Witan Sulaeman cs gagal melaju ke putaran final. Australia melaju dengan keunggulan total 4-2.
