Seperti dikutip dari situs web resmi klub, KAS Eupen dibentuk pada 9 Juli 1945 dengan nama Prancis, Alliance Sportive Eupen, melalui penggabungan dua klub lama Eupen, yaitu Jugend Eupen dan FC Eupen 1920. Eupen adalah klub Belgia pertama yang berbasis di Komunitas Belgia berbahasa Jerman yang bermain di divisi teratas Belgia.
Klub ini memainkan pertandingan pertamanya pada hari libur nasional, 21 Juli 1945, dalam turnamen yang sudah diadakan di lokasi stadion saat ini di Kehrweg. Klub ini terdaftar di Asosiasi Sepak Bola Belgia dan berkompetisi di Divisi II-Provinsi pada musim pertamanya pada 1945-1946. AS Eupen berada di kelas 1 provinsi hingga awal 1960-an.
KAS Eupen terus bermain di kelas nasional sejak 1961. Pada 1977 hingga 2002, AS Eupen bermain di divisi 3 dan baru dipromosikan kembali ke divisi 2 pada 2002. Sejak itu, KAS Eupen terus bermain di salah satu dari dua liga tertinggi di Belgia.
Klub mencetak sejarah pada 23 Mei 2010. Dengan kemenangan 2-1 atas RAEC Mons, klub ini memenangi babak promosi dan lolos ke divisi 1 untuk pertama kalinya dalam sejarah klub.
Dibeli Yayasan Qatar Aspire Zone
Pada Juni 2012, Yayasan Qatar Aspire Zone mengambil alih KAS Eupen dan menawarkan kesempatan kepada talenta Afrika dari Aspire Academy Senegal untuk memasuki sepak bola profesional setelah pelatihan mereka.
Tiga tahun kemudian, KAS Eupen dipromosikan ke Liga Pro Belgia sebagai runner-up divisi 2. Sejak itu, KAS Eupen telah menempatkan dirinya di antara 24 klub profesional Belgia dan bermain di divisi teratas Belgia untuk kedelapan kalinya berturut-turut pada 2023-2024.
